Recompensa a los buenos resultados
Tras seis partidos invictos en la temporada 2011/12, el equipo técnico dirigido por Lewandowski/Hyypiä continúa su exitosa labor.
Nueva calidad en la plantilla
Con Daniel Carvajal (Real Madrid) y Phillipp Wollscheid (1. FC Nürnberg), el Werkself ha fichado a dos jugadores que se integrarán con fuerza en la plantilla y ocuparán los puestos clave vacantes en la defensa. Además, Michael Rensing (1. FC Köln) y Junior Fernandes (CU de Chile) han sido fichados junto a los ya reincorporados Jens Hegeler y Hajime Hosogai. Con Tranquillo Barnetta, René Adler, Michael Ballack, Bastian Oczipka, Fabian Giefer y Eren Derdiyok, abandonan el equipo seis jugadores que han tenido una gran influencia en el Werkself en los últimos años.
Inicio de temporada moderado
Tras la derrota inicial ante el recién ascendido Eintracht Frankfurt, los siguientes partidos del Werkself también fueron desiguales, lo que le dejó en mitad de la tabla con cuatro puntos en cuatro partidos.
Cambio de rumbo y victoria histórica
La victoria a domicilio por 1-2, tras 23 intentos infructuosos en la capital bávara, contra el Bayern de Múnich, que dominó el resto de la temporada, fue el punto de inflexión de la novena jornada. Fue la única derrota en la Bundesliga en toda la temporada del a la postre ganador del triplete. En los 13 partidos de Bundesliga que siguieron a la cuarta jornada, el Werkself ganó nueve veces y empató dos. El Bayer 04 entró realmente con buen pie a la temporada.
28 de octubre de 2012: Victoria del Bayer 04 en Múnich - de pie desde la izquierda: Daniel Carvajal, Stefan Kießling, Daniel Schwaab, Simon Rolfes, Stefan Reinartz, Manuel Friedrich, Bernd Leno, Ömer Toprak, Jens Hegeler, Lars Bender, Gonzalo Castro, André Schürrle, Philipp Wollscheid, Hajime Hosogai.
Europa League
En la fase de grupos, con el Rapid de Viena, el Rosenborg de Trondheim y el Metalist de Járkov, el cuerpo técnico podrá probar a los jóvenes jugadores del segundo equipo y de los sub-19. El Bayer 04 se clasifica para octavos de final en segunda posición, por detrás del Metalist.
Balance a mitad de temporada
En el último partido de la primera vuelta y en la eliminatoria de Copa contra el VfL Wolfsburg, el Werkself cogió velocidad de crucero y terminó la primera vuelta en el segundo puesto de la tabla. Durante el parón invernal, el equipo dirigido por el capitán Simon Rolfes dio la bienvenida a Arkadiusz Milik, procedente del Gornik Zarbze. En el transcurso de la primera vuelta, se incorpora al equipo el jugador sin equipo Sebastian Boenisch.
Eliminado contra el Benfica
Tras dos derrotas (0-1, 1-2) contra el club de fútbol con más socios del mundo, el Werkself tuvo que despedirse de la Europa League en octavos de final. A partir de ahora, tendrán que concentrarse en clasificarse directamente para la Liga de Campeones.
Stadium Vision
A mediados de abril, la dirección del Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH y sus socios Telekom y Cisco presentan el "estadio del futuro" bajo el nombre de Stadium Vision. A lo largo de la temporada 2013/14, el BayArena se convertirá en un mundo de experiencias para aficionados y visitantes. Cientos de pantallas planas en el nivel perimetral, una aplicación para dispositivos móviles con imágenes en movimiento y estadísticas, así como una variedad de otras opciones técnicas seguirán.
Segunda vuelta
Tras la desafortunada derrota por 2-3 -a pesar de una espectacular segunda parte- contra el Borussia Dortmund en la 20ª jornada, el Werkself acabó tercero en la tabla tras una racha de ocho partidos invicto, a un solo punto del Dortmund y diez por delante del Schalke, cuarto.
Máximo goleador
Stefan Kiessling gana el título: con su gol de la victoria en el minuto 90 del último partido de la temporada en Hamburgo, el delantero no sólo se alza con el codiciad cañón de máximo goleador, con 25 tantos en la temporada, sino que además supera en tres goles el antiguo récord de goles del Bayer 04 que ostentaba Ulf Kirsten.
Despedida
En la última jornada, varios jugadores se despiden en dirección a todos los rincones de Europa. André Schürrle se marcha al Chelsea FC inglés, Daniel Carvajal regresa al Madrid, el favorito del público Manuel Friedrich deja el club con rumbo desconocido, Michal Kadlec se marcha al Fenerbahçe turco, Junior Fernandes al Dinamo Zagreb croata y Daniel Schwaab (VfB Stuttgart), Michael Rensing (Fortuna Düsseldorf) y Hajime Hosogai (Hertha BSC) también buscan nuevos retos. Sascha Lewandowski también se despide de los espectadores y del equipo tras un año en el fútbol profesional. A partir de ahora, se encargará de introducir en el fútbol profesional a los canteranos con más talento como entrenador de jugadores jóvenes.
Cantera y femenino
Tras una larga batalla contra el descenso, los sub-23 pueden celebrar por fin la permanencia en la penúltima jornada. Los sub-19 ganan la Copa Mittelrhein en un emocionante partido contra los sub-19 del 1. FC Köln. Las chicas terminan en un indiscutible octavo puesto de la tabla y, en Bella Linden, tienen a una jugadora que más tarde se proclamará campeona de Europa con la selección femenina alemana.