Una bocanada de aire fresco

Además del nuevo entrenador, Bruno Labbadia, y de su segundo entrenador, Eddy Sözer, el preparador físico Zvonko Komes también se ha incorporado al cuerpo técnico del Werkself. El equipo también se ha reforzado en posiciones clave. El delantero Patrick Helmes, que se traslada del 1. FC Köln al otro lado del Rin, los dos brasileños Henrique (central) y Renato Augusto (mediocentro), así como el lateral izquierdo Michal Kadlec, que se incorpora un poco más tarde, dan el salto al once inicial de inmediato. El marfileño Constant Djakpa y los talentos locales Jens Hegeler, Stefan Reinartz, Marcel Risse y Richard Sukuta-Pasu también son novedades. Los tres últimos se proclamaron campeones de Europa con la selección alemana sub-19 en el verano de 2008. 

"Anfiteatro" BayArena

El estadio del Leverkusen seguirá albergando partidos en la primera mitad de la temporada incluso durante las obras de remodelación. En el BayArena abierto se jugarán nueve partidos más en casa antes de las vacaciones de invierno. Y el tiempo es benévolo con el Bayer 04: los espectadores no se mojan ni una sola vez. El traslado al LTU Arena de Düsseldorf tendrá lugar el año siguiente.

Fútbol femenino en Leverkusen

Por primera vez en la historia del club, un equipo femenino vestirá la camiseta del Bayer 04. El equipo de la entrenadora Doreen Meier, que forma parte del TuS Köln rrh., competirá en la 2. Bundesliga. El estadio del TSV Bayer 04 es el Kurt-Rieß-Anlage.

Buen comienzo para el Werkself

Tras seis jornadas, el Bayer 04 suma doce puntos en la liga y se sitúa en segunda posición. Patrick Helmes ya ha marcado siete goles a estas alturas del campeonato. En la Copa DFB, el Bayer 04 superó las dos primeras rondas en Oberhausen y Augsburgo.

BayArena, sede de la Copa Mundial

El Bayer 04 se ha esforzado al máximo y ha realizado una presentación a todas luces impresionante: Exactamente 1.000 días antes del comienzo de la Copa Mundial femenina en Alemania, el 26 de junio de 2011, Leverkusen será una de las nueve sedes designadas por la Cancillería Federal de Berlín. Al menos tres partidos de la fase de grupos y uno de octavos de final se disputarán en el nuevo BayArena en 2011. 

Debut con clase de Adler con la selección nacional

No pudo irle mejor a René Adler en su debut con la camiseta de la DFB. En el partido de clasificación para el Mundial contra Rusia (2-1), el número 1 del Leverkusen brilló con luz propia en Dortmund. Y cuatro días más tarde, en la victoria por 1-0 contra Gales, Adler también impresionó en todos los aspectos.

Victoria en el partido número 1.000 de la Bundesliga

El triunfo por 0-2 en el campo del Werder Bremen es un resultado acorde con el gran aniversario. Arturo Vidal y Manuel Friedrich marcaron los goles del partido número 1.000 del Bayer 04 en la Bundesliga, la victoria número 409 desde que el club milita en la Bundesliga.

28 de octubre de 2008: minuto 80 en Bremen. Manuel Friedrich acaba de marcar el 0-2. Arturo Vidal lo celebra con él.

Líder

En la duodécima jornada, el Werkself se hizo con el liderato de la clasificación tras empatar 3-3 en Karlsruhe, donde ya vencía por 3-0. Al final de la primera vuelta, acabaron quintos tras empatar 1-1 contra el Cottbus en su último partido en casa, en el "viejo" BayArena.

Otros cuatro debutantes

En el invierno de 2008/09, el Bayer 04 volvió a lanzarse al mercado de fichajes. Con el portero Gabor Kiraly (FC Burnley), los centrocampistas Thomas Zdebel (VFL Bochum), Toni Kroos (cedido por el FC Bayern München) y el delantero Angelos Charisteas (cedido por el 1.FC Nürnberg), cuatro nuevas incorporaciones refuerzan la plantilla. Sin embargo, Marcel Risse, Stefan Reinartz (ambos del 1.FC Nürnberg) y Jens Hegeler (FC Augsburg) están cedidos. 

Estreno como local en el LTU-Arena

El Werkself gana su primer partido en su casa provisional de Düsseldorf. El equipo de Leverkusen vence por 3-1 al Energie Cottbus en los octavos de final de la Copa DFB, mientras que su debut en la Bundesliga en el LTU Arena no fue nada satisfactorio. El Bayer 04 cae derrotado por 2-4 ante el VfB Stuttgart.

Gran victoria contra el Bayern

El Bayer 04 ofreció una magnífica actuación contra el campeón récord en los cuartos de final de la Copa DFB. En el LTU Arena, lleno hasta la bandera, el Werkself eliminó al Bayern de la competición con una victoria por 4-2 en un partido emocionante. Tranquillo Barnetta, Arturo Vidal, Patrick Helmes y Stefan Kiessling fueron los autores de los goles de un fantástico Bayer.

4 de marzo de 2009: minuto 54 en el LTU Arena de Düsseldorf - Tranquillo Barnetta marca el 1-0 contra el Bayern.

Caída debido al balance como local

El Bayer 04 sólo gana uno de los ocho partidos de Bundesliga disputados en Düsseldorf. En la penúltima jornada, el Werkself se impone por 5-0 al Borussia Mönchengladbach, quedando finalmente noveno en la tabla tras 34 jornadas y quedándose una vez más fuera de la clasificación para una competición internacional.

Breve regreso de "Schnix"

En la victoria por 5-0 contra el Mönchengladbach, Bernd Schneider vuelve a vestir la camiseta del Bayer 04 por primera vez tras una larga ausencia por lesión e inmediatamente asiste a un gol de Michal Kadlec. Será la última aparición de "Schnix" como futbolista profesional. En la siguiente pausa estival anuncia el final de su carrera en activo debido a problemas persistentes en las cervicales y por consejo de sus médicos. 

Final

Con una victoria por 4-1 (tras la prórroga) contra el FSV Mainz 05 en semifinales (goles: Charisteas, Vidal, Rolfes y Kadlec), el Bayer 04 se clasifica para la final de la Copa DFB por tercera vez después de 1993 y 2002. En un partido muy reñido, el Werkself pierde 1-0 contra el Werder Bremen, con un gol decisivo de Mesut Özil para el Bremen.

30 de mayo de 2009: El Bayer 04 comienza la final de Copa en Berlín contra el Werder Bremen con los siguientes jugadores, desde atrás y desde la izquierda: René Adler, Manuel Friedrich, Michal Kadlec, Lukas Sinkiewicz, Stefan Kiessling, Simon Rolfes; Agachados desde la izquierda: Patrick Helmes, Gonzalo Castro, Tranquillo Barnetta, Arturo Vidal, Renato Augusto

Se va Labbadia, llega Jupp Heynckes

Tras el final de temporada, el entrenador Bruno Labbadia deja el Leverkusen por el Hamburg SV después de sólo una temporada. El Bayer 04 presenta a Jupp Heynckes como nuevo entrenador. Heynckes dirigió anteriormente al FC Bayern München en la Champions League en las últimas cinco semanas de la temporada como sucesor de Jürgen Klinsmann.