UEFA Champions League

Desde su primera participación en 1997, el Werkself ha estado representado regularmente en la máxima competición europea de clubes. En la UEFA Champions League, reformada para la temporada 2024/25, el Bayer 04 jugará en la "máxima categoría" por decimocuarta vez en total. Su mayor éxito fue alcanzar la final de 2002 contra el Real Madrid en Glasgow.