Acht Neue im Team
Einige kommen von anderen Vereinen, andere rücken aus dem eigenen Nachwuchs auf. In Stefan Kießling, Sergej Barbarez, Karim Haggui, Pirmin Schwegler, Alexander Meyer, Pierre De Wit, Assimou Touré und Benedikt Fernandez verstärken acht Neuzugänge den Kader von Trainer Michael Skibbe. Verschmerzen muss die Mannschaft die Abgänge von Dimitar Berbatov, Jens Nowotny, Clemens Fritz und Jacek Krzynowek.
Durchwachsener Start in die Bundesliga
Der Auftakt in der Bundesliga ist vielversprechend. 3:0 schlägt Bayer 04 im ersten Saisonspiel den Aufsteiger Alemannia Aachen. Danach aber gerät der Motor ins Stocken. Niederlagen gegen Bremen und Frankfurt sowie Unentschieden gegen Wolfsburg und Hannover folgen. Ein erstes echtes Highlight bescheren die Mannen von Trainer Michael Skibbe ihren Fans beim 3:1 Sieg über Meisterschaftsanwärter Schalke 04. Herausragender Akteur dabei: Gonzalo Castro, der gleich zwei Treffer erzielt.
Doppelpass mit der Werkself
Die gegnerischen Fans benutzen gerne einmal in ihren Stadion-Gesängen die auch naheliegenden Parolen von den Pillendrehern und der Werkself vom Rhein, wenn sie die Mannschaft von Bayer 04 auf ihre eigentliche Herkunft reduzieren wollen. Bayer 04 hat diesen Ball technisch sauber angenommen und spielt damit Doppelpass: Im neuen Fanartikel-Katalog zur Saison 2006/2007werden diese Schlagwörter in die vereinseigene Kollektion übernommen, verarbeitet und in Szene gesetzt. Mit einem Schuss Selbstironie und durchaus auch in humorvoller Art umdribbelt Bayer 04 damit die gegnerischen Angriffe und geht selbst in die Offensive.
Auf Europa-Tour
Im UEFA-Cup meistert Bayer 04 die erste Hürde gegen den Schweizer Vertreter FC Sion ohne große Probleme: Nach dem 0:0 in Genf gewinnt Leverkusen das Rückspiel souverän mit 3:1 und hat sich damit für die Gruppenphase qualifiziert. Nach einem 1:1 in Brügge, der 0:1 Niederlage zu Hause gegen Tottenham (ausgerechnet durch ein Tor von Dimitar Berbatov) und einer 1:2-Niederlage in Bukarest gewinnt Bayer 04 im letzten Gruppenspiel 2:1 gegen Istanbul. Als Dritter ist man für die nächste Runde qualifiziert.
Platz sechs zur Winterpause
In der Bundesliga überwintert Bayer 04 nach einer holprigen Hinrunde mit einem starken Endspurt (drei Siege, ein Unentschieden aus den letzten vier Spielen) auf Platz sechs.
"Schnix" begeistert alle
In der Rückrunde bleibt es wechselhaft. Aber einer bringt beständig überragende Leistungen: Bernd Schneider. "Schnix" präsentiert sich in der Form seines Lebens, verzaubert die Fans mit seiner brillianten Technik, glänzt als Antreiber, Arbeiter und Vorbereiter und wird auf seine "alten Tage" sogar noch zum Torjäger. Der 33-Jährige erzielt Traumtore gegen Blackburn (mit der Hacke) und Nürnberg.
Rene Adler die neue Nummer eins
Er gibt beim 1:0-Sieg auf Schalke sein Aufsehen erregendes Bundesliga-Debüt, als er die Königsblauen mit schier unglaublichen Reflexen zur Verzweiflung bringt: René Adler, dem der Ruf voraus eilt , eines der größten Talente auf der Torhüter-Position zu sein, nutzt seine Chance auf beeindruckende Art und verdrängt den langjährigen Stammtorwart Jörg Butt als Nummer eins.
Ausbau der BayArena
Sichtlich stolz kann Bayer 04-Geschäftsführer Wolfgang Holzhäuser am 30. März 2007 die erfreuliche Nachricht verkünden: Die BayArena wird modernisiert, ausgebaut und auf eine Zuschauerkapazität von über 30.000 Besuchern erweitert. Bereits für den 2. November 2007 ist der Baubeginn geplant. Der Vorstand der Bayer AG hat entsprechenden Planungen der Tochtergesellschaft Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH zugestimmt. Die Ausbauarbeiten sollen vor Beginn der Spielzeit 2009/10 abgeschlossen sein.
Das Aus gegen Osasuna
Im UEFA-Cup zeigt man starke Leistungen gegen den englischen Premier League-Club Blackburn Rovers und den französischen Topverein RC Lens. Erst im Viertelfinale scheitert man am spanischen Erstligisten CA Osasuna. Die Europareise ist beendet.
Wieder für den UEFA-Cup qualifiziert
Mit einem 3:2 Auswärtssieg bei Hertha BSC sichert sich Bayer 04 am vorletzten Spieltag die erneute Teilnahme am UEFA-Cup. Im letzten Saisonspiel schließlich schlägt Bayer 04 Borussia Dortmund mit 2:1 und beendet die Spielzeit auf Platz fünf.
RWE verabschiedet sich
Nach sieben Jahren erfolgreicher Zusammenarbeit trennen sich am Ende dieser Saison die Wege von Bayer 04 und Hauptsponsor RWE, der andere Schwerpunkte im Bereich Imagebildung setzen will. " Wenn aus Partnern Freunde werden, dann muss dies schon eine besondere Beziehung sein", sagt Bayer 04 – Geschäftsführer Wolfgang Holzhäuser zum Abschied von RWE.